Proteinmodifikation
Die Detektion und Analyse von posttranslational modifizierten Proteinen ist derzeit eine der größten Herausforderungen in der Proteomanalyse. Dies schließt einerseits die Identifizierung der jeweiligen Modifikation, andererseits deren genaue Lokalisierung ein. Ein Hinweis auf die Modifikation eines Proteins ist das Auftreten von sogenannten Perlenketten-Spots im 2D-Gel, da schon geringe Ladungs- und Molekulargewichtsänderungen zu verändertem Wanderungsverhalten der Proteine führen. Die Komplexität der massenspektrometrischen Analyse ist abhängig von der Art der posttranslationalen Modifizierung. Modifikationen wie N-terminale Acetylierung oder Methioninoxidation sind schon durch PMF-Analyse detektierbar. Modifikationen wie Phosphorylierungen oder Glykosylierungen führen aufgrund einer geringeren Ionisierungsrate zu einer Suppression der Signale modifizierter Peptide in Anwesenheit der nicht modifizierten Spezies. Daher ist eine Anreicherung der modifizierten Peptide vor der massenspektrometrischen Analyse notwendig, um die auftretenden Suppressionseffekte bzw. die substöchiometrische Verteilung zu kompensieren.