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2009: Dr. Gabriel Gelius-Dietrich

Am 25.März 2009 wurde der Ulrich-Hadding-Forschungspreis 2009 im Rahmen des "SYSTEMS BIOLOGY” Meetings zum siebten Mal verliehen.

Der Preis ging an Dr. Gelius-Dietrich.

Gabriel Gelius-Dietrich - Wissenschaftlicher Werdegang

Dr. Gelius-Dietrich wurde 1976 in Düsseldorf geboren und studierte von 1996 bis 2002 Biologie in Düsseldorf. Sein Diplom zum Thema: „Grundlagen für die Charakterisierung der Hydrogenosomen aus Neocallimastix frontalis" schloss er 2002 am Institut für Ökologische P?anzenphysiologie der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf (Prof. Martin) ab. Anschließend arbeitete er als wissenschaftlicher Mitarbeiter in diesem Institut und promovierte 2008 mit dem Thema: „Charakterisierung der Hydrogenosomen des anaeroben Pilzes Neocallimastix frontalis - Proteomanalyse und EST-Sequenzierung". Seit 2007 arbeitet er als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Informatik (Abteilung Bioinformatik) der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf (Prof. Lercher).


Dr. Gelius Dietrich leitet seit zwei Jahren die Entwicklung von Netzwerk-Analysemethoden in der Abteilung Bioinformatik. In dieser Zeit hat er ein Open-Source Projekt für komplexe Flux-Balance-Analysen biologischer Netzwerke (sowie verwandte Methoden) initiiert und implementiert. Dabei konnte Dr. Gelius-Dietrich auf bahnbrechenden Arbeiten der Gruppe um Bernhard Ø. Palsson (University of California at San Diego) aufbauen, mit der er in seinen Entwicklungen zusammen arbeitet.

Die Flux-Balance-Analyse (und verwandte Methoden des ‚constraint-based Modelling') entwickelt sich derzeit zum Standardverfahren zur Simulation komplexer biochemischer Netzwerke im Gleichgewichtszustand. Mit dem von ihm geleiteten Projekt SyBiL stellt Dr. Gelius-Dietrich diese Verfahren nun der wissenschaftlichen Community in einer extrem effizienten und flexiblen Form zur freien Verfügung. Die von ihm entwickelten Analysetools spielen bereits jetzt eine zentrale Rolle in der Forschung der Arbeitsgruppe um Csaba Pal und Balazs Papp in Szeged (Ungarn), die auf dem Gebiet der evolutionären Systembiologie weltweit führend sind.

Forschungsprojekt SyBiL (Martin Lercher, Gabriel Gelius-Dietrich)

Ziel der Systembiologie ist es, einen Organismus als Ganzes zu verstehen. Ein Teil dieses Verständnisses geht aus der Analyse biochemischer Netzwerke hervor, also dem Verständnis aller biochemischen Vorgänge in einer Zelle als Gesamtheit. Die »Flux Balance Analyse« erlaubt es, aufgrund einfacher Modelle vorherzusagen, welche Reaktionen in einer lebenden Zelle tatsächlich ablaufen. Diese und verwandte Methoden haben sich in den letzten zwei bis drei Jahren zu etablierten Werkzeugen der Systembiologie entwickelt. Ihre Anwendung erfordert aber bisher entweder umfangreiche eigene Software-Entwicklungen oder den Einsatz teurer kommerzieller Software. Hier setzt SyBiL (Systems Biology Library) an, in dem sie einfachen und ?exiblen Zugriff auf verschiedene Computermethoden zur Analyse biochemischer Netzwerke bietet. Mit SyBiL ist es z.B. möglich, innerhalb weniger Sekunden auf dem Computer alle möglichen Genverluste (z.B. durch Mutationen) zu simulieren und die Auswirkungen auf das Überleben in unterschiedlichen Umgebungen zu testen. SyBiL ist »Open Source«, d.h. jeder Wissenschaftler kann an dem Programmpaket mitarbeiten und es seinen Bedürfnissen anpassen. SyBiL ist in »R« programmiert, einer Computerumgebung, die vielfältige Möglichkeiten zur Weiterverarbeitung und graphischen Darstellung der Ergebnisse liefert.

Verantwortlichkeit: