Software
Proteome Discoverer
Der Proteome Discoverer (Thermo Fisher Scientific) bietet verschiedenste Analysetools, die in unterschiedlichster Weise kombiniert werden können, um wissenschaftliche Fragestellungen zu bearbeiten. Es werden mehrere Datenbanksuchalgorithmen (SEQUEST HT, Mascot, Byonic, MS Amanda, and ProSightPD) und verschiedene Dissoziationsverfahren (CID, HCD, ETD und EThcD) unterstützt.
Mascot
Mascot ist eine Suchmaschine für eine schnelle Protein/Peptide-Identifikation aus massenspektrometrischen Daten. Dabei können verschiedene Datenbanken (z.B. Swissprot), verschiedene Modifikationen und Gerätetypen verwendet werden. Jeweils abhängig davon können MS- und MS/MS-Toleranzen angepasst werden.
Nonlinear Progenesis
Progenesis wird zur Auswertung von labelfreien differentiellen Studien eingesetzt. Mit dieser Software ist es möglich Proteine zu identifizieren und auch zu quantifizieren. Für die Proteinquantifizierung können Signale der Übersichtsspektren verwendet werden.
MaxQuant
Das MaxQuant Software Packet bietet eine integrierte Lösung zur Auswertung von Rohdaten vor allem von hochauflösenden Massenspektrometern wie der OrbitrapElite. Neben der Detektion von Peaks, Isotopenmustern und SILAC-Peptidpaaren enthält es Algorithmen für die Quantifizierung der enthaltenen Signale. Durch die integrierte Suchmaschine Andromeda erfolgt im selben Softwarepacket auch die Identifizierung von Peptiden und Zusammenstellung der qualitativen und quantitativen Informationen.